计算材料学
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对称slab按照层数松弛上下表面python脚本

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# fix_atom_v1.0
# 仅针对于pymatgen生成的标准POSCAR，若其他格式POSCAR导致坐标位数不同需要更改脚本

import os

#Need Modifycation!!!
#对称表面上下可以动的层数，读取当前文件下POSCAR内容
# layers = eval(input("请输入slab上下要松弛的层数"))
layers = 3
f = open('POSCAR', 'r')
lines = f.readlines()
f.close()
new = []
for line in lines:
    new.append(line.strip())
os.rename('POSCAR','POSCAR_unfixed_atoms')

#加上Selective Dynamics变成可改变模式的
new.insert(7,'Selective Dynamics')

#去掉最后的字母元素符号
for i in range(9,len(new)):
    if new[i][-2] == ' ':
        new[i] = new[i][0:-2]
    else:
        new[i] = new[i][0:-3]

#获得slab层数及坐标
ls = []
for i in range(9,len(new)):
#     num = 1
#     while new[i][-num] != ' ':
#         num += 1
#     print(num-1)
#     print(i,new[i][1-num:])
    ls.append(eval(new[i][-8:]))
ls = list((set(ls)))
ls.sort()
print("此slab模型共有{}层, 松弛上下{}层".format(len(ls),layers))

#加上FT模式
for i in range(9,len(new)):
    if eval(new[i][-8:]) in ls[0:layers]:
        new[i] = new[i]+"  T T T"
    elif eval(new[i][-8:]) in ls[-layers:]:
        new[i] = new[i]+"  T T T"
    else:
        new[i] = new[i]+"  F F F"

#保存文件
f = open('POSCAR', 'w')
for para in new:
    f.write(para)
    f.write('\n')
f.close()