cif格式转换vasp格式python脚本(cif_to_vasp)

依赖

python 3

Atomic Simulation Environment

脚本内容

from ase import io
atoms = io.read(jobname+'.cif')
atoms.write('POSCAR', format = 'vasp')

基于ase的三行脚本即可将.cif文件转换为vasp格式文件，然而由于ase包的问题，转换后的POSCAR文件第六行缺少对应的元素符号，需额外通过python脚本处理生成好的POSCAR文件来达到最终目的。

完整代码如下：

from ase import io
import os

#获取当前目录下全部.cif文件名称，其他目录下的.cif需要给出完整路径并且用os.chdir改变工作路径
files_bak = os.listdir('./')
files = []
for f in files_bak:
    if f[-4:] == '.cif':
        files.append(f)
    else:
        continue
#先将所有的cif用ase转换为poscar文件，并删除原来的cif文件        
for i in files:
    atoms = io.read(i)
    atoms.write('temp.vasp', format = 'vasp')
    os.remove(i)
    #将现有的cif文件第六行加上第一行的元素符号，存为最终的POSCAR文件
    f = open(i[0:-4]+'.vasp','w')
    with open('temp.vasp','r') as p:
        os.remove('temp.vasp')
        #在readlines()读取元素时，不必将每个元素结尾的\n用.strip()函数去掉，因为再次写入会自动达到换行效果
        lines = p.readlines()
        lines.insert(5,lines[0])
        for l in lines:
            f.write(l)
    f.close()

可能存在的问题

• windows平台，MS建好模型后通过坚果云共享到MAC系统中，cif一定几率变成二进制文件报错