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序言

Density functional theory：A practical introduction, by David Sholl
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输入文件简介

INCAR：告诉VASP算什么，怎么算

金属ISMEAR=1，分子，半导体和绝缘体ISMEAR=0。在DOS能带计算中，使用ISMEAR = -5 用于获取精确的信息。 SIGMA一般取0.10 或者采用默认值 0.20 即可。当ISMEAR=-5时，SIGMA的值可以忽略。分子原子体系，SIGMA=0.01。SIGMA的测试标准是：grep 'entropy T' OUTCAR/体系原子数目 < 0.001即可。

POSCAR：各个原子的位置信息

KPOINTS：包含计算的K点信息==（不理解什么是K点信息）==

Monkhorst-Pack Grid(原始网格)。gamma centered Monkhorst-Pack Grid (高等级的)

两者的区别是 M 在 G的基础上在三个方向上平移了1/(2N)个单位。计算时：(1)对于原子或者分子的计算，K点取一个gamma点就够了。(2)永远用Gamma centered就可以了。

POTCAR：对应的是计算过程中每个原子的平面波基组，描述原子中原子核和电子的相关信息。 ==（什么是平面波基组？这个问题我一直不太了解）==

POTCAR要和POSCAR保持一致，负责计算会出错。

grep TIT POTCAR 查看POTCAR中的元素

grep ENMAX POTCAR 查看POTCAR的Cut-off 能量

一些常见的linux操作

man cat or cat -help 查看cat命令帮助

cat: 文件名前加n会显示行数cat -n INCAR

more:和cat一样用来查看文件

less: 运行后，敲v是编辑命令，敲q是离开命令

echo:相当于python的打印命令

linux下的单引号会不识别变量，只有双引号识别变量

seq: 类似range()或者np.arange()，用来生成一串数字

seq 1 2 10，会生成1，3，5，7，9

tree:生成当前目录结构，tree -d只显示文件夹

# 建立0.01-0.09九个文件夹
for i in {1..9}; do mkdir 0.0$i;done
#INCAR 内容
     1	SYSTEM = O_atom
     2	ISMEAR = 0
     3	SIGMA = 0.01
#分别替换0.01-0.09九个文件夹中的SIGMA值为0.01-0.09
for i in {1..9};do sed -i "3s/0.01/0.0$i/g" 0.0$i/INCAR ;done
for i in {1..9};do sed -i "3,5s/0.01/0.0$i/g" 0.0$i/INCAR;done(选择3-5行)

输出文件-OSZICAR详细解读(E0)

判断计算是否收敛：tail OUTCAR看是否有user time那些参数

（由于是单个O原子体系，所以没有进行结构优化，只有一个离子步）

N：表电子步的迭代步数，本例中里面有7个电子步；

E：当前电子步的体系能量；

dE：该步和上一步两个离子步体系能量的差值；在单点（静态）计算中，等于entropySIGMA的值。SIGMA值来自于INCAR，entropy,对应entropy T\S这个值，可以在OUTCAR中获得。

grep 'entropy T' OUTCAR|tail -n -1|会把前面的结果传到后面

d eps: the change in the bandstructure energy, 本征值的变化

nag: the number of evaluations of theHamiltonian acting onto a wavefunction；波函数的优化次数

rms: the norm of the residuum of the trialwavefunctions (i.e. their approximate error)

DAV/RMM/CG：blocked Davidson iteration scheme的缩写，一个电子自洽算法的缩写，今后的计算中还有RMM (residual minimization scheme) 和 CG （conjugate-gradientalgorithm）等，这些参数有INCAR中的ALGO决定。（ALGO = FAST is a very reasonable compromise, and should be specified for system with more than 10-20 atoms）。

==后面的几个参数一知半解==

F:体系的总能量=grep 'free energy TOTEN' OUTCAR

E0:后能量对应OUTCAR中 energy(sigma->0)后面的能量

energy without entropy=free energy TOTEN 后面的能量减去 Entropy T*S 后面的能量